|
|
 |
Home |
|
|
|
| dc.title : |
Optimalisatie LAMP-protocol voor detectie van bacterievuur
|
| dc.creator : |
Swennen, Saartje
|
| dc.subject : |
|
| dc.description.abstract : |
Het Proefcentrum Fruitteelt vzw te Sint-Truiden is internationaal erkend onderzoekscentrum dat speciaal ontwikkeld werd voor zowel de fruittelers, onderzoekers als bedrijven. Binnen pcfruit zijn er verschillende onderzoeksgroepen te onderscheiden die elk hun eigen taken hebben; pomologie, zoölogie, mycologie en milieu en techniek. De bachelorproef beschreven in deze scriptie heeft zich afgespeeld binnen de afdeling pomologie waar er twee belangrijke hoofdaspecten naar voren komen. Hier wordt er gewerkt aan milieuvriendelijke teelttechnieken en de studie van de bacteriële plantenziekten in de fruitteelt. In deze scriptie zal het meer bepaald gaan over bacterievuur.
Bacterievuur is een verwoestende plantenziekte die een heel grote economische impact heeft op de fruitteelt en meer bepaald appelen en peren. De veroorzaker is de bacterie Erwinia amylovora, welke geklasseerd staat als een quarantaine organisme. De naam bacterievuur is afgeleid van de symptomen, deze doen denken aan het verschroeien door vuur. Er treedt een kleurverandering op van de bladeren van groen naar bruin of zelfs zwart. Ook de snelheid waarmee een bacterievuur infectie zich kan uitbreiden, doet denken aan vuur.
Het doel van deze bachelorproef was het verkrijgen van geoptimaliseerde DNA-extractie methodes voor zowel bacteriële als plantenstalen. Er worden telkens twee DNA extractie protocollen getest waarvan één gemeenschappelijk CTAB-DTT protocol. Op die manier kan bepaald worden of dit CTAB-DTT optimaal E. amylovora DNA zal kunnen extraheren uit geïnfecteerde bloemenstalen. Dit geïsoleerde DNA moest van voldoende kwaliteit zijn om de Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) te kunnen uitvoeren. LAMP is een snelle amplificatietechniek die het mogelijk maakt om stalen rechtstreeks in het veld te kunnen analyseren, dit doordat de reactie doorgaat op één temperatuur.
Voor de bacteriële DNA-extractie werd gebruik gemaakt van twee protocollen, namelijk (I) Cheng & Jiang 2006 Extremely rapid DNA extraction from bacteria and yeasts en (II) CTAB-DTT protocol gebaseerd op het CTAB-DTT banana leaf DNA isolation protocol (Khayat et al., 2004) en het CTAB based Micromonos DNA isolation protocol. Deze twee protocollen werden met elkaar vergeleken om te bepalen welke de beste resultaten gaf. Hetzelfde werd uitgevoerd voor het plantenmateriaal. Ook hier werden twee methodes met elkaar vergeleken, namelijk (I) het Khayat et al., 2004 CTAB-DTT DNA extractie protocol en (II) Plant Material DNA Extraction Kit van OptiGene.
Een volgende onderdeel is het uitvoeren van de LAMP. Tijdens de uitvoering werd op een probleem gestoten. Er werden bij elke test vals positieve resultaten bekomen, wat duidt op contaminatie. Er werden vervolgens heel wat testen uitgevoerd om de oorzaak van deze contaminatie te achterhalen. Zo werden er nieuwe primers besteld, een nieuwe Isothermal Mastermix werd gebruikt, de strips werden geautoclaveerd enzovoort. Uiteindelijk werd in de laatste week van de stage heel het quarantaine labo ontsmet met javel en het LAMP-toestel werd verplaatst naar een andere ruimte. Ook werd er een mastermix besteld welke al alle componenten bevatte. Dit gaf uiteindelijk wél een negatief resultaat waaruit besloten kon worden dat er inderdaad een contaminatie aanwezig was in het quarantaine labo.
Het werk uitgevoerd tijdens deze bachelorstage heeft een goed toekomstbeeld. Door de geoptimaliseerde DNA-isolatie protocollen samen met de LAMP-techniek te gebruiken, kunnen zeer snel resultaten bekomen worden (in ongeveer twee uur). Aangezien bacterievuur zich snel kan verspreiden, is het een groot voordeel dat een snelle diagnose gesteld kan worden. |
| dc.publisher : |
Hogeschool PXL |
| dc.contributor : |
|
| dc.date : |
2016 |
| dc.type : |
Bachelorproef |
| dc.format : |
application/pdf
|
| dc.identifier : |
http://doks.pxl.be/doks/do/record/Get?dispatch=view&recordId=SEtd8ab2a82155c540c60155c5437ce1033a |
| dc.language : |
dut
|
| dc.rights : |
All rights reserved |
| etd.degree.name : |
Professionele bachelor in de agro- en biotechnologie |
| etd.degree.level : |
Bachelor |
| etd.degree.discipline : |
Biotechnologie: Cel- en gentechnologie |
| etd.degree.grantor : |
Hogeschool PXL |
| |
| |
Simple view
|
|
|
©2004-2008 - Hogeschool PXL -
webmaster -
Contact -
Disclaimer
|
|
Home 
