| Abstract : |
Diarree veroorzakende ziekten behoren tot de voornaamste oorzaken van morbiditeit en mortaliteit van kinderen wereldwijd. Om infectieuze gastro-enteritis correct te behandelen, is er nood aan een snelle detectie van pathogenen die met de ziekte geassocieerd worden. Momenteel worden hiervoor verschillende methoden gebruikt die vaak arbeidsintensief zijn, een lange doorlooptijd en een eerder lage gevoeligheid hebben. In het Ziekenhuis Oost-Limburg werden drie PCR-methodes voor de detectie van gastro-intestinale pathogenen geëvalueerd. Deze drie methodes zijn een commerciële real-time PCR (GeneXpert), een multiplex in-house real-time PCR (Rotor-Gene) en tenslotte een commerciële multiplex nested PCR-platform (FilmArray GI (gastro-intestinaal) panel). De studie richt zich specifiek op parasieten (Cryptosporidium, Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica en Giardia lamblia) en enterobacteriën (Campylobacter, Clostridium difficile, Salmonella, Shigella en Yersinia enterocolitica). Clostridium difficile werd gevalideerd op de GeneXpert in kader van de surveillance van ziekenhuisinfecties.
Een vergelijkende studie werd gehouden tussen de in-house real-time PCR en de commerciële nested PCR. Alvorens deze studie uitgevoerd kon worden, werd de in-house real-time PCR geoptimaliseerd. De oligonucleotideconcentraties, de invloed van additieven en de annealingtemperatuur werden bestudeerd. Na optimalisatie hiervan werden geen aspecifieke amplificatiecurves voor Giardia lamblia meer waargenomen. Ook werd de technische validatie van de in-house real-time PCR vervolledigd. Volgende parameters werden doorlopen: bepaling van de detectielimiet voor Cryptosporidium, de invloed van de staalbewaring en een methodevergelijking met de lichtmicroscopie. 87,5% van de stalen geanalyseerd met de in-house real-time PCR waren concordant aan het resultaat van de lichtmicroscopie.
Vervolgens werd een validatie van het gastro-intestinaal panel uitgevoerd. Hiervoor werd de vergelijkende studie tussen de commerciële nested PCR, de in-house real-time PCR en de lichtmicroscopie/kweek gehouden. Het commerciële GI panel is een snelle methode die met weinig hands-on time een resultaat levert na één uur. Van 22 pathogenen wordt tegelijk een uitslag verkregen. Verder is er geen voorgaande extractie nodig en is er weinig kans op contaminatie. Voor het GI panel bedraagt de sensitiviteit 95,2% en de specificiteit 85,7%. De twee stalen die vals positief waren op het panel werden met een referentiemethode (sequencing) onderzocht. Het resultaat hiervan was niet doorslaggevend. Het GI panel is dus specifiek en gevoelig. De in-house multiplex PCR is eveneens een specifieke en gevoelige methode. De sensitiviteit bedroeg namelijk 92,3% en de specificiteit 96,7%. Daarnaast zijn de benodigde reagentia goedkoop en is de techniek relatief snel. Echter vraagt deze methode meer hands-on time en kunnen hiermee slechts drie parasieten tegelijk geanalyseerd worden.
Ten slotte kunnen ook bepaalde virussen met het GI panel worden gedetecteerd. Dit zijn: het adeno-, astro-, noro-, rota- en sapovirus. Deze moeten nog gevalideerd worden op het panel. Concreet is het GI panel een gevoelige en specifieke methode die het potentieel heeft om de etiologische diagnose van gastro-enteritis sterk te vereenvoudigen. |
Home 
