About DoKS      NL  |  EN Search: Advanced Search
  Part of a word (e.g. tele*)    Exact wordgroup (e.g. "wireless communication")
 
Home
folder Authors
folder Departments
folder Help
folder Years
 
Most popular theses: 2014 2015 2016 2017


972 theses on-line.



Doks PHL
Doks XIOS



Open Archives Initiative
Home

Optimalisatie LAMP-protocol voor detectie van bacterievuur

2016
Swennen, Saartje
Professionele bachelor in de agro- en biotechnologie

Abstract :
Het Proefcentrum Fruitteelt vzw te Sint-Truiden is internationaal erkend onderzoekscentrum dat speciaal ontwikkeld werd voor zowel de fruittelers, onderzoekers als bedrijven. Binnen pcfruit zijn er verschillende onderzoeksgroepen te onderscheiden die elk hun eigen taken hebben; pomologie, zoŲlogie, mycologie en milieu en techniek. De bachelorproef beschreven in deze scriptie heeft zich afgespeeld binnen de afdeling pomologie waar er twee belangrijke hoofdaspecten naar voren komen. Hier wordt er gewerkt aan milieuvriendelijke teelttechnieken en de studie van de bacteriŽle plantenziekten in de fruitteelt. In deze scriptie zal het meer bepaald gaan over bacterievuur.
Bacterievuur is een verwoestende plantenziekte die een heel grote economische impact heeft op de fruitteelt en meer bepaald appelen en peren. De veroorzaker is de bacterie Erwinia amylovora, welke geklasseerd staat als een quarantaine organisme. De naam bacterievuur is afgeleid van de symptomen, deze doen denken aan het verschroeien door vuur. Er treedt een kleurverandering op van de bladeren van groen naar bruin of zelfs zwart. Ook de snelheid waarmee een bacterievuur infectie zich kan uitbreiden, doet denken aan vuur.
Het doel van deze bachelorproef was het verkrijgen van geoptimaliseerde DNA-extractie methodes voor zowel bacteriŽle als plantenstalen. Er worden telkens twee DNA extractie protocollen getest waarvan ťťn gemeenschappelijk CTAB-DTT protocol. Op die manier kan bepaald worden of dit CTAB-DTT optimaal E. amylovora DNA zal kunnen extraheren uit geÔnfecteerde bloemenstalen. Dit geÔsoleerde DNA moest van voldoende kwaliteit zijn om de Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) te kunnen uitvoeren. LAMP is een snelle amplificatietechniek die het mogelijk maakt om stalen rechtstreeks in het veld te kunnen analyseren, dit doordat de reactie doorgaat op ťťn temperatuur.
Voor de bacteriŽle DNA-extractie werd gebruik gemaakt van twee protocollen, namelijk (I) Cheng & Jiang 2006 Extremely rapid DNA extraction from bacteria and yeasts en (II) CTAB-DTT protocol gebaseerd op het CTAB-DTT banana leaf DNA isolation protocol (Khayat et al., 2004) en het CTAB based Micromonos DNA isolation protocol. Deze twee protocollen werden met elkaar vergeleken om te bepalen welke de beste resultaten gaf. Hetzelfde werd uitgevoerd voor het plantenmateriaal. Ook hier werden twee methodes met elkaar vergeleken, namelijk (I) het Khayat et al., 2004 CTAB-DTT DNA extractie protocol en (II) Plant Material DNA Extraction Kit van OptiGene.
Een volgende onderdeel is het uitvoeren van de LAMP. Tijdens de uitvoering werd op een probleem gestoten. Er werden bij elke test vals positieve resultaten bekomen, wat duidt op contaminatie. Er werden vervolgens heel wat testen uitgevoerd om de oorzaak van deze contaminatie te achterhalen. Zo werden er nieuwe primers besteld, een nieuwe Isothermal Mastermix werd gebruikt, de strips werden geautoclaveerd enzovoort. Uiteindelijk werd in de laatste week van de stage heel het quarantaine labo ontsmet met javel en het LAMP-toestel werd verplaatst naar een andere ruimte. Ook werd er een mastermix besteld welke al alle componenten bevatte. Dit gaf uiteindelijk wťl een negatief resultaat waaruit besloten kon worden dat er inderdaad een contaminatie aanwezig was in het quarantaine labo.
Het werk uitgevoerd tijdens deze bachelorstage heeft een goed toekomstbeeld. Door de geoptimaliseerde DNA-isolatie protocollen samen met de LAMP-techniek te gebruiken, kunnen zeer snel resultaten bekomen worden (in ongeveer twee uur). Aangezien bacterievuur zich snel kan verspreiden, is het een groot voordeel dat een snelle diagnose gesteld kan worden.

Full text:
File Size Type Checksum  
160607_SaartjeSwennen_Scriptie-1.pdf 2 MB PDF MD5 Open file

Dit eindwerk werd 575 keer bekeken.
Translate to English (Google translate)
 

Show record details

Show ETD - Dublin Core

If you want to cite this thesis in your own thesis, paper, or report, use this format (APA):

Swennen, S. (2016). Optimalisatie LAMP-protocol voor detectie van bacterievuur. Unpublished thesis, Hogeschool PXL, PXL-Tech.
Retrieved from http://doks.pxl.be/doks/do/record/Get?dispatch=view&recordId=SEtd8ab2a82155c540c60155c5437ce1033a.




©2004-2008 - Hogeschool PXL - webmaster - Contact - Disclaimer