| Samenvatting : |
In de fruitsector komen verschillende pathogenen voor die de opbrengst van de oogst drastisch kunnen verminderen. Erwinia amylovora is een van deze pathogenen. Het is een gramnegatieve bacterie die bacterievuur veroorzaakt, en dit vooral bij planten van de familie Rosaceae. De term bacterievuur komt van de typische symptomen nl. het zwart verkleuren van bladeren en bloesems, alsof ze door vuur verschroeid zijn. Elk jaar kunnen appel- en peertelers geconfronteerd worden met de nefaste gevolgen van deze bacterieziekte. Omwille van de snelle verspreiding van bacterievuur zijn moleculaire detectiemethodes zeer geschikt. De snelheid en de grote gevoeligheid van deze technieken zorgen ervoor dat bacterievuur al in een vroeg stadium gedetecteerd kan worden en dit op een relatief korte termijn. Dit heeft als gevolg dat er geen symptomen nodig zijn om een diagnose te stellen. Het doel van deze bachelorproef is het ontwikkelen van een LAMP- en qPCR-protocol waardoor er een snelle, betrouwbare en respectievelijk kwalitatieve en kwantitatieve detectie van E. amylovora mogelijk is. Tijdens het uitvoeren van het LAMP-protocol, ontstond er een probleem met de negatieve controles. Bij het uitvoeren van de LAMP-reactie vertoonde vaak één blanco in een reeks herhalingen van blanco’s een positief resultaat. Verschillende opties werden geprobeerd om dit te voorkomen maar telkens dook hetzelfde probleem op. Daarom werd er besloten om het LAMP-protocol niet verder te optimaliseren. Het uitgewerkte qPCR-protocol werd getest op DNA geïsoleerd uit een reincultuur van E. amylovora, op spiked stalen (op DNA-niveau en op organisme-niveau) en op geïnfecteerde stalen. Deze testen bevestigden dat qPCR zeer geschikt is voor een kwantitatieve detectie van E. amylovora.
Sleutelwoorden: appel, DNA-extractie, Erwinia amylovora, bacterievuur, LAMP, peer, qPCR, real-time PCR, Rosaceae
|
Home 
